L'histoire de la Réforme en France se divise en cinq grandes périodes :

Des origines à 1598

		Favorisées par le climat de liberté intellectuelle de la Renaissance, les idées de Luther et de Zwingli pénètrent en France; le Noyonnais Jean Calvin (1509-1564) les approfondit et en propose un exposé systématique dans «l’Institution de la Religion Chrétienne» (1536). Exilé à Genève, il accompagne le développement des Églises réformées qui rassemblent à leur apogée 15 à 20 % des Français. Les Guerres de Religion (1562-1598) opposent les catholiques et les protestants dans des affrontements sanglants (massacres de la Saint-Barthélemy en 1572). Malgré la victoire du chef protestant Henri de Navarre – le futur Henri IV – le courant réformé est amoindri et restera très minoritaire.
De 1598 à 1685
		L'Édit de Nantes promulgué par Henri IV (converti au catholicisme) est un compromis garantissant à la minorité protestante des droits politiques et militaires, tout en la privant de toute possibilité d’expansion religieuse. Les rois Louis XIII et surtout Louis XIV entameront les libertés protestantes, avant de déclencher de féroces persécutions («les dragonnades») : les protestants abjurent en masse et Louis XIV en tire prétexte pour révoquer l’Édit de Nantes (1685).
De 1685 à 1787
		C'est la période la plus sombre du protestantisme français : le culte est interdit, les temples rasés, les pasteurs emprisonnés ou exécutés. 200 000 protestants choisissent l’exil dans les pays voisins (Europe du Refuge) ; dans les Cévennes, la révolte des Camisards est une aventure héroïque sans lendemain. Entre soumission apparente et clandestinité («culte au Désert» ), une poignée de fidèles maintiennent la flamme du protestantisme. Progressivement, l’influence des idées des Lumières atténue les persécutions : «toléré» administrativement en 1787, le protestantisme français ne retrouve sa liberté qu’en 1789.
De 1787 à 1905
		«Les Articles Organiques» de 1802 réorganisent les Églises réformées et luthériennes (surtout en Alsace et au Pays de Montbéliard). Bien réinsérés dans la société française, les notables protestants participent activement à son développement économique et social ; plus à la base, un mouvement de Réveil spirituel ranime et reévangélise mais les divisions entre «orthodoxes» (restés strictement fidèles aux Réformateurs) et «libéraux» (plus modernistes) séparent les Églises.